質譜儀和是兩種對樣品進行分離的儀器。質譜儀是分離和檢測不同同位素的儀器，簡單的來水就是定量、定性，可以推測物質的組成。它根據分辨本領可以分中分辨和低分辨質譜儀。色譜儀則是為進行色譜分離分析用的裝置，它是定量，可以分辨樣品中的不同物質。它可以分為氣相色譜儀、液相色譜儀和凝膠色譜儀這三種。 
質譜儀和色譜儀各自的優點

質譜儀和色譜儀它們分辨的成分不一樣，各自會有各自的優點。就拿質譜儀來說，它是唯一可以確定分子量的一種儀器，適用于生物大分子，也就是分子量非常大的那種，它具有非常高的靈敏度。色譜儀它的靈敏度也比較高，尤其是相對于光譜儀來說，靈敏度高很多。它的分離效率非常的高，幾十幾百種化學物品都可以得到快速的分離，這是很多其他儀器所不具備的。 
質譜儀和色譜儀的聯用 

質譜儀用于物質定型鑒定，色譜儀定型功能則差一些。色譜儀價格比質譜儀價格低得多，適用范圍非常廣。色譜儀的檢測靈敏度要比質譜儀的靈敏度低。質譜儀和色譜儀都有各自的優缺點，為了能夠最大限度的發揮每種分析儀器的最大優勢，可以將兩種或者幾種儀器進行聯用，這樣可以克服單獨儀器使用時候的缺陷，這是分析儀器發展的一種趨勢。 
質譜儀和色譜儀的選擇 

目前整個市場上，生產質譜儀和的廠家并不少，在選擇儀器的時候一定要看一下儀器的本身操作的難易程度，太復雜的操作，需要消耗大量的培訓和人力成本，盡量選擇操作性強，品牌后期服務比較好的設備，以便提高分離樣品的效率。